与此同时，还置各卫亲军指挥使司，设指挥使，正三品。仍沿袭旧十七卫亲军指挥使司：武德卫、龙骧卫、豹韬卫、飞熊卫、威武卫、广武卫、兴武卫、英武卫、鹰扬卫、骁骑卫、神武卫、雄武卫、凤翔卫、天策卫、振武卫、宣武卫、羽林卫。
洪武十五年(公元1382)，朱元璋罢废亲军都尉府和仪銮司。
设置锦衣卫，下属南北镇抚司十四所，负责护驾侍卫、查察缉捕。
随后，正式设置护卫亲军十二卫：锦衣卫、旗手卫、金吾前卫、金吾后卫、羽林左卫、羽林右卫、府军卫、府军左卫、府军右卫、府军前卫、府军后卫、虎贲左卫。
扩充
第一次扩充：公元1402年，建文四年\/洪武三十五年。
金吾左卫、金吾右卫、羽林前卫，原为燕王朱棣所领“北平三护卫”。明成祖朱棣攻下南京，夺取了侄子建文帝朱允炆的皇位后。将建文年号削去。建文四年改为洪武三十五年。北平三护卫于该年底升为亲军，改名为金吾左卫、金吾右卫、羽林前卫。
第二次扩充：公元1406年，永乐四年。
燕山左卫、燕山右卫、燕山前卫、大兴左卫、济阳卫、济州卫、通州卫（安吉卫）原为“北平都司七卫”，永乐四年升为亲军。
第三次扩充：公元1433年，宣德八年。
将神武前卫及亲军各卫养马军士整编为腾骧左卫、腾骧右卫、武骧左卫、武骧右卫。亲军由此增加为二十六卫。原有亲军十二卫称作“上十二卫”。
明正统十四年（1449），明英宗朱祁镇率军亲征瓦剌。亲征军号称五十万之重，实际包括皇帝亲军和将门勋爵们的家将，合计仅有二十三万至二十五万左右。
皇帝亲军二十六卫的泰半精锐部队都作为皇帝的随扈一同出征。
亲征军退至土木堡时，（今北京西北怀来县官厅水库）。被早已蹲点设伏长达一个月的瓦剌军阿剌知院部伏击。亲军几乎全军覆灭，明英宗朱祁镇被瓦剌军俘虏。
（注：瓦剌军阿剌知院部在北京的大门口设伏长达一个多月，留守北京的大小官佐竟然对此毫无反应，直到土木堡惨败的十天后，北京方面才知道亲征军的全军覆没之主因