皇帝亲军二十六卫并未出征，仍留守北京的部队，全部被征召起来，在兵部侍郎于谦的统一指挥下投入北京保卫战。
此后，除锦衣卫，与腾骧左卫、腾骧右卫、武骧左卫、武骧右卫，之外，亲军二十六卫的其余各卫已混同于京营普通部队，虽然名目未改，但已改为由兵部管理，不再是皇帝亲自指挥的禁卫军。在行政、人事、薪饷等方面受制于文官，日见衰败，在明朝中后期已没有什么战斗力，也鲜有提及。
上十二卫，仅剩锦衣卫继续由皇帝亲自指挥。
另有宣德八年增设的亲军腾骧左卫、腾骧右卫、武骧左卫、武骧右卫，合称四卫营，受宫内御马监太监指挥。
崇祯十七年（公元1644年）3月，北京在被围攻两日后陷落。亲军各卫死伤殆尽。
亲军上十二卫都有严格的建制，待遇也在众军之上。
亲军从职责上可分为护驾侍卫亲军和守卫侍卫亲军；从区域上可分为宫禁侍卫亲军和皇城侍卫亲军。
护驾侍卫亲军是护从皇帝左右、直接听命于皇帝的地位最崇高的禁卫军。
护驾侍卫亲军通常是挑选健壮、英武、勇悍的卫士充当，职责上主要是两大项：一是保护皇帝，确保皇帝及皇帝一行的绝对安全；二是奉旨执行秘密使命。
守卫侍卫亲军是以守备宫城、皇城为主要职责；防盗、防火、防止贼寇入侵。
宫禁侍卫亲军是守卫紫禁城的禁卫军，包括巡查，守御宫门、城门，杂役等职守，负责宫禁的绝对安宁。
皇城侍卫亲军则是守备皇城，负责皇城门禁，巡查皇城中的一切隐患，确保皇城安全和万无一失。
护驾侍卫亲军
锦衣卫
旗手卫校尉
守卫侍卫亲军
永乐迁都前南京紫禁城防区划分如下：
紫禁城南部：从午门到承天门左右两边，及左右长安门，至皇城东西面，属于旗手卫、济阳卫、济州卫、府军卫、虎贲右卫、金吾前卫、燕山前卫、羽林前卫。
紫禁城东部：东华门左右两边到东安门左右两边，属于金吾左卫、羽林左卫、府军左卫、燕山左卫。