彼时，曾国藩已然下达指令给各道府，迅速抓获了 11 名相关人员。而丁日昌甫一抵达天津，便断言称：“像这般重大案件，总计约莫需要缉捕四五十人之多，并分别处以斩首、绞刑以及充军流放等刑罚。”
唯有如此行事，方能让那些外国人坚信中国政府具备“镇压平民百姓的威严权势”，从而确保他们自身的人身安全得以保障，进而避免他们相互勾结，共同对抗清朝廷。
此后，曾国藩与丁日昌等人陆陆续续抓捕了八十余名涉案之人。
不仅如此，他们还盲目地听从法国公使罗淑亚那毫无道理可言的要求，将罪犯王三、安三和武兰珍等人予以释放。
然而，此次教案事件当中，丰大业等人实则是在群情激愤的民众围攻之下，遭受众人你一拳我一脚的暴打，最终命丧黄泉。
面对数以千计的人群，想要精准地甄别出究竟谁才是真正的主犯，又岂能存有确凿无疑的证据呢？无可奈何之下，只得采取严刑拷打的手段来逼迫嫌犯们吐露实情。
那些经受不住残酷刑法折磨的人，最终只能被迫含冤认罪。
就连曾国藩自己都不得不承认：“如今虽已捉拿嫌犯八十余人，但其中绝大多数人坚决不肯吐露口供。经过审讯后，真正认罪且可依法判处死刑的不过仅有七八人而已，其余众人皆是既无口供亦无实证。倘若日后将这些人驱赶至刑场处决，实在是既无法向黎民百姓交代，更难以平息社会舆论的非议指责。”