朝堂之上，他率先整肃吏治。那些曾在轩辕彻谋反期间首鼠两端、攀附逆党的臣子，皆被一一传唤至御前。南宫瑾高坐龙椅，眼神冷峻如冰，审视着阶下众人，声音威严：“朕念及旧情，给过你们机会，可你们却负了朕的心，为虎作伥。即日起，官职俸禄一概削去，贬为庶民，回乡去吧，若再敢有不轨行径不臣之心，定不轻饶！” 臣子们吓得瑟瑟发抖，磕头谢恩后灰溜溜地退下。
对于忠心不二、坚守正统的臣子，南宫瑾则大行封赏。金银珠宝、绫罗绸缎自不必说，更是破格擢升数位肱股之臣，朝堂气象焕然一新。他还责令吏部尽快补齐空缺官位，广纳贤才，各地推举的青年才俊纷纷入京应试，宫廷内外，读书声、议事声渐次响起，一扫先前的沉闷死寂。
后宫之中，同样不得安宁。一些曾与罗莎走的很近的人都被打入冷宫，永不复见天日。南宫瑾重新制定宫规，严禁后宫干政、拉帮结派，力求营造清正和睦的氛围。太监宫女们也被重新编队，强化训练，提高执事效率。
在民生方面，南宫瑾下旨开仓放粮，赈济因战乱流离失所的百姓。又拨专款修缮受损的城镇与村落，招募工匠，鼓励商贸，曾经荒芜的市集渐渐热闹起来，街头巷尾弥漫着烟火气。随着各项政令有条不紊地推行，大渝王朝仿若浴火重生的凤凰，抖落一身阴霾，向着兴盛再次展翅高飞。
林宁这边也一直在忙着。她清楚为何林相会逃跑。首先，林俊惹祸，家中所有银钱都补了亏空。恰林宁不在家，柳姨娘找人去林宁那边偷钱，翻到了林宁的密室，林相组织把密室的财物洗劫一空。林相在林宁密室看到用于研究针灸和医学的骷髅骨，心中对这个女儿很是惧怕，他觉得这个女儿是恶魔，如今想着自己又偷了她的钱并占为己有。林宁定不会放过自己，加之他知道林宁和南宫瑾的关系，陛下也断不会放过他。最后，林相的眼线说林宁似乎已经查到当年林母的死与林相有很大的关系。这对于林相来说，不是好事，害母之仇不共戴天，林相断定林宁肯定不能放过自己。所以林相带着林宁密室储存