地节三年（前67年），八岁的刘奭被宣帝立为皇太子，霍氏又筹划毒害刘奭。霍皇后数次召见刘奭，赐予他食物，但因为服侍的人总是先试吃，霍皇后未能下毒成功。直至霍光去世，霍皇后被废，宣帝怜爱刘奭年幼失母，又险些遭霍氏毒手，选立后宫素来谨慎且无子的王婕妤为后，抚养刘奭，刘奭的成长与生命安全才有所保证。
刘奭喜好儒学，认为宣帝“持刑太深”，从旁建议“宜用儒生”。宣帝斥责他：“汉家自有制度，本以霸王道杂之，怎么能只用德教！”并感叹：“乱我家者，太子也！”因为这件事宣帝逐渐疏远太子而喜爱淮阳王，一度有意改立淮阳王为太子。但是念及与许氏起于微末的情义，最后打消了这一念头。
少年时期，刘奭宠幸的司马良娣生病去世，刘奭为此悲愤发病，闷闷不乐。此后一直虚弱而多病，身心不宁。
黄龙元年十二月甲戌日（前48年1月10日），汉宣帝刘询驾崩，刘奭即位为汉元帝，改年号“初元”。宣帝为元帝安排了“三驾马车”辅佐朝政，以乐陵侯史高领衔，太子太傅萧望之、少傅周堪为副，保障元帝平稳渡过执政初期。其中，史高是宣帝祖母史良娣的侄孙，为外戚重臣，深得宣帝信任。萧望之、周堪都是当时名儒，也是元帝的老师。元帝好儒，十分看重两位老师，经常召见他们，一起探讨治国方略。萧望之随后引荐宗室大儒刘更生（成帝时改名刘向）、侍中金敞参与朝政，四位儒臣同心谋议，经常进谏劝说元帝推行儒政，元帝多采纳接受。
儒臣的影响力与日俱增之时，史高与宦官里外呼应，政议坚持遵从惯例，反对萧望之等人的改革主张。萧望之忧虑宦官专权，认为任用宦官担任中书令这样重要的官职不符合旧制，建议元帝予以纠正。元帝刚即位不久，不敢做出调整，议论久而不决。萧望之由此招致宦官中书令弘恭、仆射石显等人记恨。
于是，石显等趁萧望之休假，向元帝上奏萧望之等人谋划罢黜车骑将军史高，离间元帝与