数月以后，元帝才再次下诏封萧望之为关内侯并准备起用他为丞相。萧望之的儿子萧汲听说元帝要起用父亲，就上书为父亲之前入狱鸣冤。弘恭、石显在元帝面前竭力诋毁萧望之，说他不服之前的惩罚，是将过错归结到皇帝身上，让元帝下达拘捕令。萧望之性情刚直，不能忍受再次入狱的羞辱，在家饮鸩自杀。元帝知道后大惊，痛道：“果然杀吾贤傅！”召见石显等人问责，石显等脱下冠帽跪地认罪后，元帝不再追究。
由此，在元帝的混乱处理下，外戚、儒臣、宦官三种势力角逐，宦官最终获得了胜利。
萧望之死后不久，中书令弘恭也病死，石显继任中书令。此时正当元帝生病体弱，不再亲躬政事，而开始寄情于音乐。元帝认为宦官没有家室，不结外党，对石显十分信任，便将朝政全部委任于他，朝中大小事宜，都由石显决断处理。石显的权势逐步壮大，百官对待他都十分敬重。石显此人机敏灵巧，擅长诡辩，睚眦必报。他一面把握人主喜好，欺哄元帝；一面大行党同伐异之事，企图向元帝进言石显专权的太中大夫张猛、御史中丞陈咸、魏郡太守京房、侍诏贾捐之等都先后被石显所害，而见风使舵依附他的匡衡、贡禹、五鹿充宗等皆得宠位。此后，公卿以下都畏惧石显，朝中一切都是石显说了算，再无人敢悖逆。
元帝虽为天子，却最终被架空权柄，致使宦官石显擅权，纲纪紊乱，吏治腐败，危害国家。竞宁元年五月壬辰日（前33年7月6日），汉元帝在长安未央宫去世，终年四十二岁，谥号孝元皇帝。太子刘骜登基，是为汉成帝。
邓通后代在汉元帝前期即退出皇权，散落民间。历经的几朝几代中，邓通后人皆是以经营制造为主要生存手段。不涉政。直到清朝时期邓通的大儿子邓东皋这一线的人，叫邓臣朴的，中了举人。