在行政决策方面，教会的意见往往具有相当的影响力。许多重大政策的制定，尤其是涉及道德、伦理和社会秩序方面的政策，需要得到教会的认可。例如，在制定关于婚姻、家庭和财产继承等方面的法律政策时，教会的神职人员会参与讨论，并依据教义提出自己的看法。这种宗教与政治的结合，虽然在一定程度上有助于维护社会的道德秩序，但也使得决策过程更加复杂。因为教会和行政部门有着不同的利益诉求和价值体系，双方在讨论过程中往往需要花费大量的时间来协调和妥协。
教会在帝国各地拥有大量的土地和财富，这使得教会机构成为了一个庞大的经济实体。在地方行政管理中，教会与地方政府之间存在着资源分配、权力划分等诸多问题。例如，在税收征收方面，教会的土地是否应该纳税以及纳税的比例是多少，一直是一个争议性的话题。地方政府希望能够从教会的土地上获取更多的税收来支持地方建设和行政管理，但教会则以宗教教义和自身的特殊地位为由，试图减少纳税数额。这种争议往往需要通过中央政府进行协调，这无疑增加了行政事务的复杂性。
同时，教会内部也有着一套自己的管理体系，从大主教到各级神职人员，他们有着自己的权力层级和决策流程。在某些情况下，教会的管理体系与帝国的行政体系会产生冲突。例如，在处理宗教异端问题时，教会可能会采取较为严厉的措施，而这可能会影响到地方的社会稳定。地方行政官员则需要在维护社会稳定和遵循教会意愿之间进行权衡，这又增加了他们在行政决策中的难度。
拜占庭帝国的通信和信息传递技术的局限性，也对行政效率产生了负面影响。在当时的条件下，信息的传播主要依靠信使、烽火等传统方式。信使的传递速度受到交通条件的限制，在帝国广袤的领土上，从边疆地区向首都传递信息可能需要数周甚至数月的时间。而且，信使在传递过程中还面临着各种风险，如道路安全、天气变化等，这可能导致信息的延误或者丢失。
当行政部门需要做出决策时，往往因为信息的不及时而面临困难。例如，在边