肃顺主张扬汉抑满，公开指斥“旗人多是混蛋”，重用曾国藩、骆秉章、胡林翼等汉人名士；
打破满人垄断，举荐非科举精英，如四川署理巡抚岑毓英；
支持地方编练乡勇，压制宗室特权，削减八旗俸银，打击满人贪腐。
祁寯藻则认为应延续重满轻汉传统，以满人主导核心权力，视八旗为清廷统治根基。
他虽提倡选拔人才，但更倾向维护传统士大夫阶层，主张通过科举和儒学标准选官。
肃顺主张铁腕反腐，严刑峻法，以“戊午科场案”处斩大学士、满蒙高官柏葰（音‘俊’），处理“户部宝钞案”时对满蒙特权阶层毫不留情。
祁寯藻认为应通过道德教化和传统礼制整饬官场，反对严刑峻法，曾因反对肃顺严惩户部宝钞案涉案满人贵族与其产生直接矛盾。
肃顺主张货币改制，推行铸大钱、发行纸币（宝钞），缓解战争导致的财政崩溃，还向商人阶层抽重税以充实国库。
祁寯藻认为应维护传统赋税，通过常规税收和节流措施解决财政危机，反对激进改革，认为肃顺的政策扰乱市场，加剧民生困苦。
肃顺力荐骆秉章为两江总督，曾国藩为湖南巡抚，支持湘军独立筹饷（厘金制度），直言“八旗无用”，要求裁撤冗余军饷，集中资源支持汉人武装。
祁寯藻则认为八旗是满清根基，应将资源优先向八旗倾斜，反对过度依赖地方武装。
肃顺主张以强硬手段应对外交争端，支持咸丰帝初期对英法采取军事抵抗。
祁寯藻则倾向妥协，主和避战，避免与列强直接冲突。
肃顺的支持者有军机大臣、户部尚书文庆，刑部侍郎、署理左翼总兵、军机大臣穆荫，工部右侍郎、入值军机处的杜翰等。
祁寯藻的支持者有工部尚书翁心存，军机大臣、吏部侍郎彭蕴章，礼部侍郎周祖培等。双方针锋相对，争执不休。
咸丰帝心无定见，犹豫不决。时而觉得肃顺的措施可行，推行了地方编练乡勇政策；
时而又认为祁寯藻的办法合理，派出满臣钳制汉臣。