莲宗寺的历史可以追溯到民国时期，其创建者际然法师是一位充满传奇色彩的人物。际然法师为满族正白旗人，俗姓爱新觉罗，原籍在沈阳金家哈拉，祖先是皇太祖努尔哈赤的第九子，被封为肇王，封地在河北省大城。但在清朝的明争暗斗中，家族被削爵夺地，贬为庶民。到际然法师曾祖父时，家境已然败落。18岁时，际然法师参加“五卅”罢工运动，被英美烟草公司开除，生活贫困。1935年，她于北京拈花寺在量源法师座下披剃出家。
在一次去五台山朝拜的途中，际然法师看到路过天津的东北尼众几无落脚之地，心中悲悯，于是发愿要修建一座可留单接众的十方丛林，为尼众们在艰难的朝圣之旅中提供一个暂时歇息的场所。然而，当时的她一贫如洗，理想与现实之间的差距巨大，旁人难以理解她的宏愿。但际然法师凭借着坚定的意志和深厚的慈悲之心，四处化缘募集资金。1936年，她终于募集到一笔资金，买下了一亩一分地，这里原本是一个煤厂，周围环境污浊不堪，毗邻多为妓院、大烟馆等秽处。但际然法师认为佛教的象征是出污泥而不染的莲花，此地正符合这一寓意，于是以莲宗是净土宗念佛法门之意，又取莲花出污泥而不染，将此寺命名为莲宗寺。
此后，际然法师在昌文和光道法师的帮助下开始修建寺院。1938年首建大殿，随后又陆续修建山门和东西两厢及后楼念佛堂。全部工程从设计、购料至监工，都由际然法师亲自负责，历时13年才陆续完工。在这漫长的修建过程中，际然法师历经坎坷，但始终没有放弃。即使在1996年米寿之年往生之际，她仍然心系寺院复建工作，她的精神令人敬仰。
“文革”期间，莲宗寺也遭受了冲击，尼僧被迫还俗，际然法师虽蓄发但仍留在寺内清斋静修。直到1980年国家落实宗教政策，政府拨款22万元按原风格重新修建莲宗寺。