荥阳之战后,曹操兵少,于是与夏侯惇等人前往扬州募兵。扬州刺史陈温、丹阳太守周昕给了曹操一共四千多名兵士。曹操回军到龙亢时,大部分士卒都背叛了。到了轾、建平,曹操又重新招募一千多士兵,进驻河内郡。
袁绍与韩馥谋立幽州牧刘虞为帝,曹操对袁绍说:“董卓之罪,暴于四海,我们集结大众、兴义兵,远近无不响应,正因为我们的行动是正义的。如今幼主微弱,受制于奸臣,却没有昌邑亡国之兆,而一旦改易天子,天下人怎么接受?诸君北面称臣,我自西向。”袁绍还曾经得到一枚玉印,一次曹操在座时,袁绍把这块玉印推到他的肘边,曹操表面大笑,内心却十分厌恶。后来,袁绍、韩馥还是决定立刘虞为帝,但刘虞始终不肯接受。
初平二年(公元191年),黑山贼于毒、白绕、眭固等率十多万人攻打魏郡、东郡,东郡太守王肱不能抵御。曹操引军入东郡,在濮阳击破白绕。袁绍因此表曹操为东郡太守,治所在东武阳。
初平三年(公元192年),曹操驻军顿丘,于毒等人攻打东武阳。诸将建议曹操回军救援,曹操欲图趁机袭击敌军本屯,对诸将说:“孙膑救赵而攻魏,耿弇欲攻西安而攻临菑。让敌军知道我军西进而回撤,则东武阳之急自解。如果他们不回,我就能攻破他们的本屯,他们却必不能拿下东武阳。”于是,曹操引兵西入山,攻打于毒等人的本屯。于毒得知后,放弃攻打东武阳而回军。曹操邀击眭固,又在内黄与匈奴於夫罗交战,皆大获全胜。[
初平三年(公元192年),青州黄巾军大获发展,连破兖州(治昌邑,今山东省菏泽市巨野县东南)郡县,阵斩兖州刺史刘岱。济北国相鲍信与州吏万潜等人来到东郡迎曹操领兖州牧。曹操和鲍信合军进攻黄巾,战于寿张之东,鲍信战死。曹操“设奇伏,昼夜会战”,终于将黄巾击败。当年冬天,他获得降卒三十