郑军平常艰辛的训练，在战场上发挥重要的作用，郑军有序的撤退，阵法全然不乱，阿格商连追三程，此时清军的体能开始下降，甘辉果断地展开反击。
援剿后镇指挥官陈魁手执盾牌，迎战阿格商，两员猛将搅成一团，奋力拼杀，陈魁身中两箭，并被阿格商砍中一刀，身负重伤，此时部将陈蟒赶到，再战阿格商，阿格商这名清军宿将，在体能下降之后，打不赢陈蟒，被一刀劈死。
阿格商一死，清军军心大乱，进攻遭到挫折，不得不稍后退，甘辉当机立断，乘胜追击，清兵赶紧上马逃窜，来不及上马的，统统被被郑军杀死，一时间尸横遍野，郑军缴获大量的弓箭马匹。在混战之中，清军的头目巴都、柯如良等人也被郑军所杀，当清军发现自己的将领都死于非命，又杀回来要夺回尸体。
正在这个时候，郑成功担心甘辉有失，便派右提督王秀奇派军前来援助，正好与清军相遇，于是会合甘辉的部队，痛击清军，清军大败而后，数千人的精锐，最后只剩下数百名骑兵侥幸逃回。
护国岭一战，是在郑军遭遇揭阳失利、黄梧叛降、舟山失守的严峻形势下，所取得的一次大捷，对郑军士气的提升无疑起到积极的作用。
在甘辉指挥护国岭战役的同时，郑成功率部进入宁德，合围宁德城，宁德清军不敢出战，郑成功也不强攻，只是派出军队四处取粮，所取之粮，足够大军三个月之用。由是可见，郑成功北上福州、宁德的目的，正是为弥补海澄投降所造成的物资巨大损失。
自从郑芝龙又一次差人送来劝降书后，郑成功一直置之不理。1657年初，郑芝龙差派来的家丁谢表、小八两人前来求见，跪着对郑成功说：“我等奉太师命，特来禀请和局一事，到此已久，恐太师度日如年，候回信复命难待耳。”郑成功便写了一封亲笔信，在信中写道：
“嗟嗟！曾不思往见贝勒之时，许多劝止，竟尔不听，自投虎穴，无怪乎有今日。吾父祸福存亡，儿料之已熟。清朝待投诚之人，猜忌多端，有始无终，天下谁不共晓？先以礼貌相待，后以鱼肉相视，总之挟一字。若一挟，而儿岂可挟之人哉？……自清朝入闽以来，丧许多人马，费许多钱粮，百姓涂炭，赤地千里，