但回到洛阳，他又不得不继续扮演 “天命所归” 的角色。当九真郡报来 “黄龙见”，他心里清楚不过是鳄鱼戏水，却还是按例赏赐地方官。深夜批改诏书时，他在奏报上批注：“朕宁见一斗粟，不愿见一黄龙”，却不敢让任何人看见 —— 他知道，在谶纬盛行的东汉，皇帝的言行稍有不慎，便是天威受损。
永宁元年立刘保为太子，是刘祜最有主见的决策。他看着儿子在太学背诵《尚书》，小脸红扑扑的，仿佛看见当年的自己在清河邸第苦读的模样。为了打破 “外戚立嗣” 的惯例，他特意选了出身低微的李氏为太子母，却忘了后宫从来不是清净地。
阎皇后的嫉妒像毒蛇般蔓延。她联合哥哥阎显，买通中常侍江京，在太子宫中埋下木偶，上面刻着刘祜的生辰八字。当 “巫蛊案” 爆发，刘祜看着太子惊恐的眼神，想起自己童年时被窦氏监视的日子，终究狠下心：“废为济阴王，迁居北宫。” 废太子那天，他在承明殿呆坐整夜，案头的《春秋》翻在 “子以母贵” 那页，泪水滴在 “骊姬之乱” 的注疏上。
他想起杨震自杀前的奏折：“阿母王圣，浊乱天下”。这位 “关西孔子” 曾是他的希望，却因弹劾王圣被罢官。如今王圣被流放，杨震却已魂归东莱，只留下 “天知地知” 的传说。刘祜摸着杨震送的毛笔，突然发现笔杆上刻着 “清操” 二字，泪水再次决堤 —— 这个曾经想依靠的肱骨之臣，终究成了权力斗争的牺牲品。
延光四年的南巡，成了刘祜的临终谢幕。他不顾大臣劝阻，坚持去宛城祭祀世祖庙，车驾路过新野时，看见百姓在路边摆着野菜粥施舍灾民。他让车队停下，亲自舀了一碗粥，却发现粥里全是麦麸和草根。“多久没吃过正经粮食了？” 他问老丈，得到的回答是：“自羌乱起，十年了。”
在宛城，他突然病倒，高烧不退却坚持到叶县才咽下最后一口气。临终前抓着太尉冯石的手说：“朕在位十九年，外患未除，内忧不断，唯愿太子能承大统，百姓得享太平。” 可他不知道，自己的尸身会被秘不发丧，被当作 “活人” 运送回宫 —— 阎皇后